RSKGM FKG UI secara resmi mulai beroperasi pada bulan Juni tahun 2002 bersamaan dengan dikeluarkannya surat ijin penyelenggaraan sementara 2002 – 2005. Dan akhirnya berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor 1625/Menkes/SK/XII/2005 dikeluarkan Izin Tetap Penyelenggaraan Rumah Sakit Khusus Gigi dan Mulut sebagai tempat Pendidikan di Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia.

RSKGM FKG UI menjadi tempat pendidikan bagi peserta didik di Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia dengan outcome lulusan antara lain profesi dokter gigi dan dokter gigi spesialis, menjadi wahana pendidikan dan penelitian S2/Magister di bidang Ilmu Kedokteran Gigi Dasar (Biologi Oral, Forensik, dan Dental Material dan Teknologi), Ilmu Kedokteran Gigi Komunitas dan Pencegahan (berbasis riset epidemiologis untuk meyelesaikan masalah kesehatan masyarakat), serta S3/Doktoral Ilmu Kedokteran Gigi.

Dengan berkembangnya ilmu pengetahuan kedokteran gigi saat ini, kami selaku sentral riset dan pendidikan nomer satu di Indonesia dalam bidang kedokteran gigi dan mulut kami menambah bidang layanan yang bersinergi dengan program nasional melalui academic health system UI berupa penanganan kesehatan ibu dan anak, penurunan stunting, penurunan HIV.

Selain kegiatan pendidikan dan penelitian, kegiatan utama rumah sakit adalah kegiatan pelayanan kesehatan yang mengacu pada peraturan perundangan dalam koordinasi, pembinaan dan pengawasan Dinas Kesehatan DKI Jakarta yang tunduk kepada regulasi Kementerian Kesehatan RI.