Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK FKUI) merupakan laboratorium yang memberikan pelayanan meliputi pencarian etiologi penyakit infeksi, menentukan obat yang sesuai, imunologi penyakit infeksi, dan melayani konsultasi klinik untuk optimalisasi penatalaksanaan & lingkungan industri, lab mikologi, lab tuberkulosis, lab virologi & biologi molekuler. Pada pencegahan dan penanggulangan infeksi terkait perawatan kesehatan (Healthcare Associated Infections/HAIs) yang dikenal juga sebagai infeksi nosokomial, LMK FKUI dapat berperan dalam penentuan kebijakan rumah sakit, seperti penentuan kebijakan penggunaan antimikroba, prosedur isolasi pasien, sterilisasi, disinfeksi, dan sebagainya. Kegiatan LMK FKUI juga merupakan bagian integral dari penapisan kesehatan dan tindakan preventif penyakit infeksi di Indonesia.

LMK FKUI yang telah dipercaya memberikan pelayanan pemeriksaan mikrobiologi sejak tahun 1960an. LMK FKUI mempunyai pengalaman menjadi pusat rujukan nasional WHO untuk kasus influenza, mitra departemen kesehatan untuk mengatasi epidemi kolera, melayani pemeriksaan haji sebelum berangkat ke Saudi Arabia, laboratorium regional untuk flu burung, laboratorium rujukan nasional tuberkulosis dan SARS Cov-2, serta dipercaya melakukan uji validasi kit uji PCR dan rapid antigen. LMK FKUI merupakan laboratorium rujukan nasional mikrobiologi klinik di Indonesia melalui SK Menteri Negara Riset dan Teknologi.