Laboratorium Terpadu FKUI dibentuk pertama kali atas Keputusan Dekan Fakultas Kedokteran  Universitas Indonesia nomor 240c/H2.F1.D/HKP.02.04/2012 tanggal 1 Maret 2012. Diresmikan tanggal  24 April 2013 oleh Dekan Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia Prof. Dr. dr. Ratna Sitompul, SpM(K),  Prosesi peresmian ditandai dengan pengguntingan pita yang dilakukan oleh Dekan FKUI yang didampingi  oleh jajaran dekanat FKUI, Direksi RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo, serta penanggung jawab dan para staf Laboratorium Terpadu FKUI.

Berdasarkan keputusan rektor Universitas Indonesia nomor 1930/SK/R/UI/2017 tanggal 25 September 2017 dibentuk Unit Kerja Khusus Pelayanan dan Pengabdian Masyarakat Laboratorium Terpadu Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia dengan maksud melayani masyarakat melalui penerapan ilmu pengetahuan  dan keahlian di bidang kedokteran. Disamping itu, Laboratorium Terpadu FKUI juga mendukung kegiatan tri  dharma perguruan tinggi di lingkungan internal dan eksternal FKUI baik kegiatan mandiri maupun pelayanan. Dalam kegiatan laboratoriumnya, Laboratorium Terpadu FKUI sudah terakreditasi ISO:IEC 17025:2017.